農村飲水安全管理信息系統可以實現對農村飲水安全相關業務的全周期信息管理，按照農飲項目的建設、使用周期，系統分為：項目管理、基礎數據管理、業務管理、監測信息展示、GIS展示、統計分析幾個核心子系統。另外還包括：農飲概況和行業分析兩個輔助子系統。

項目管理子系統實現對農飲項目建立之前所有相關環節的信息管理。包括：項目信息的建立、審批信息的錄入、招投標信息的管理、合同信息管理、征地拆遷信息管理、設計變更管理、施工進程管理、質量安全檢查管理、項目資金管理、竣工驗收信息管理的項目管理10個核心功能及從業單位管理和從業人員管理2個輔助功能。

以項目信息為依托，可以對項目的基礎信息進行管理，農飲基礎數據管理包括對：工程水源信息、工程基礎信息、村莊飲水信息、學校飲水信息、工程運行信息以及縣區年度信息的管理。系統基礎數據管理包括：水源監測點信息、水廠監測點信息、水廠加壓泵信息、管網監測點信息、入村干管監測點信息、視頻監測點信息及短信通訊錄的管理。農飲基礎數據查詢提供對農飲基礎數據的查詢功能，方便查找農飲的基礎數據信息。

有了以上飲水工程運行基礎數據的支撐，可以對飲水工程的業務進行管理。包括業務信息管理和查詢兩個部分。業務管理部分可以對：農飲工程規劃、農飲工程計劃、農飲實施方案、水質檢測報告、供水應急預案、供水事故及短信發送信息進行管理。業務查詢部分提供對業務數據進行查詢的功能，方便信息的查詢、定位，了解業務的詳細信息。

監測信息展示是整個系統的重要子系統，分為：實時數據監測、歷史數據查詢、報警記錄查詢三個部分。可以及時、全面的了解農飲工程相關設備的運行狀態及供水的水質情況，方便相關人員對異常進行及時處理。目前系統可以提供對水源、水廠、管網、入村干管的實時監測功能。在各個實時監測子模塊，通過單擊監測點名稱，通過進一步的數據挖掘，可以以Flash、圖表、數據列表及多媒體的形式對監測點的監測信息進行綜合統計分析及多樣化、全方位的數據展示。歷史數據查詢提供對監測點監測信息按照用戶要求進行數據檢索的功能，方便相關人員查看歷史數據。

GIS展示，方便直觀、清晰的查看農飲相關業務實體的分布情況，并提供數據挖掘功能從整體上看，系統提供：水源、工程、村莊、水廠監測點、管網監測點、供水事故點、供水管網以及管井的地理分布地圖展示。另外還提供基于地圖的管網地理分析、工程地理分析功能以及水廠、水源等業務實體的地理定位功能。

在以上子系統產生的數據基礎上，系統提供完善的、多維度的信息統計分析功能，并通過柱狀圖、餅狀圖、折線圖、數據列表等多樣化的信息展示方式為領導決策及相關業務部門人員日常工作提供強大的數據支撐。提供的數據統計包括：工程投資統計、工程建設統計、已解決人口統計、不安全人口統計以及工程信息統計。提供的數據分析功能包括：水源保證率分析、工程供水分析、工程排名分析、工程水質分析、村莊用水分析以及區域供水分析。

農飲概況子系統以豐富的圖表和統計數字，對農飲業務的整體情況進行統計分析展示，方便領導及相關業務人員從整體上對農飲工程的運行有個全局性的了解。

行業管理子系統用來維護及查找一些農村飲水行業相關的書面材料、領導講話等，并可以作為通知公告的發布及獲取窗口。